Achaltekinský kůň je považován za nejstarší čistokrevné plemeno na světě, přímého potomka starověkých perských koní. Podle nejnovějších výzkumů je potvrzeno, že stál u zrodu plemen jako arabský či anglický plnokrevník, jeho krev koluje i v žilách trakénů, orlovských klusáků, donských koní, aj. Současný název plemene je novodobý, začal se používat až ke konci 19. století – původně byl označován jako turkoman, turkmen, argamak. Jméno achalteke (někdy psáno jako achal teke, v angličtině jako akhal teke) pochází z názvu turkmenského kmene Teke, který žil v oáze Achal. Turkmeni si svých koní velmi považovali, na jejich kvalitě závisel život těchto obávaných nájezdníků a žoldáků. Tvrdé podmínky odchovu v pouštním klimatu, omezená krmivová základna a vysoké požadavky na rychlost a vytrvalost, vytvořily tvrdého, ale přitom velmi ušlechtilého atleta. V roce 1881 po bitvě u Goek-Tepe byl Turkmenistán přičleněn k carskému Rusku a loupežné nájezdy-alamany-byly zakázány. Ty do té doby ovšem tvořily hlavní zdroj obživy Turkmenů a ztráta využití koně i těžkosti ho uživit vyústilo v té době v masivní export za hranice, často se stěhovali i se svými majiteli. Náhradním využitím se pak stala národní turkmenská zábava, kterou jsou dostihy. Na rozdíl od současnosti se tehdy ale běhalo na krátké vzdálenosti, 200-1000 m, za to ovšem koně absolvovali několik rozběhů (vítěz předchozího postupoval do dalšího kola). Tím se rozvíjela i schopnost rychlé regenerace. Chov nicméně stagnoval a změna až přišla se založením Zakaspijské připouštěcí stanice, později transformované do Zakaspijského hřebčína. Vedením byl pověřen V. Mazan, kterému se zde podařilo soustředit nejlepší plemeníky, včetně praotce 2a Boinou, ke kterému v paternitní linii směřuje většina dnešních linií a jehož jméno má každý achaltekinec mnohokrát zastoupeno ve svém pedigree. Ve 30. letech proběhlo ve Střední Asii několik zootechnických expedic, jejichž zápisky posloužily jako podklad pro vydání prvního (ale označovaného jako III.) dílu plemenné knihy achaltekinského koně. Od roku 1972 vede celosvětově plemennou knihu achaltekinských koní VNIIK (Všeruský vědecko-výzkumný institut pro chov koní sídlící ve vesnici Divovo nedaleko Rjazaně), aktuálně posledním vydaným dílem PK, je díl IX. Plemenná kniha je uzavřená a zapsáni do ni mohou být pouze potomci koní zapsaných v předchozích dílech a jejichž původ je potvrzen DNA testem. Původní domovina Turkmenistán se, žel, v posledních dvaceti letech zpronevěřila konceptu čistokrevnosti a přilévá krev anglického plnokrevníka, s cílem zvýšení výkonnosti na dostihové dráze (a získání atraktivních peněžitých cen). Největší populace se tak nachází v Rusku, Uzbekistánu, Kazachstánu, zvyšuje se i počet koní v Evropě a USA, byť zde ne vždy kráčí kvantita s kvalitou ruku v ruce.